随着碳市场及分布式发电交易市场的逐渐放开，经济激励式交易市场机制成为促进微电网碳减排的有效方法。该文提出了一种基于碳流追溯的多微电网系统电碳耦合交易机制，首先建立了微电网各设备元件碳排放模型及多微电网的碳流追溯模型，考虑到储能设备充放电行为引起的单位电能涉及碳排放量波动对碳流追溯结果的影响，提出了储能“附碳密度”参数，并推导出了考虑储能设备充放电特性时的碳流指标计算矩阵。对于微电网内用户，提出基于碳流追溯结果的动态碳排放因子驱动的用户低碳需求响应模型。在此基础上，提出了一种配网运营商参与协调的多微电网系统电碳耦合交易机制，实现电碳耦合交易背景下多微电网系统的优化调度，激励各微电网主体主动参与电碳耦合交易。算例结果表明电碳耦合交易便于微电网灵活运行，改善经济效益，在运行中再结合碳排放流则可显著改善多微网系统的环境效益，使用户积极参与低碳需求响应，促进多微网系统有效碳减排。