Мониторинг водной экосистемы является важной частью защиты и восстановления водной экосистемы и основой для строительства водоэкологической цивилизации; в последние годы гидрологические службы активно участвуют в мониторинге водной экосистемы, исследуя новые подходы, технологии и методы. В статье подводятся итоги успешного опыта гидрологических служб в работе по мониторингу водной экосистемы и обсуждается, как на научной, системной и масштабной основе проводить мониторинг водной экосистемы.