基于一维有压管道的非恒定流基本理论，建立了“水库+竖井+输水隧洞+泵站+稳压池”复杂系统的水力过渡过程数学模型，研究了泵站位置、深隧洞管径、隧洞中部竖井、泵数量对水力过渡过程的影响。结果表明，泵房后置可以降低沿程压力，水位波动较小，有利于水锤防护并降低管理难度；增大输水管道的管径对水锤影响较小，但能降低沿程水头损失，有效降低事故停泵时上游竖井的涌浪高度，增加系统运行安全性；将中部竖井设计为调压井能够降低事故停泵时上游竖井的涌浪水位，但在启泵时会增加上游竖井的涌浪水位。取水泵房工程中，泵启停等工况条件引起的水位变幅不大的前提下，建议选择泵多的方案。该研究能够为长距离深隧输水管道系统的工程布置提供科学依据。