船载大功率脉冲负载运行会产生间谐波电流浪涌及功率冲击，导致发电机轴承振动、磨损甚至发生机械故障。为解决脉冲负载间谐波功率波动与脉冲参数定量关系不清以及不同脉冲参数下间谐波功率难以补偿的问题，提出舰船脉冲负载间谐波功率快速跟踪自适应补偿方法，该方法能够根据间谐波功率定量关系快速响应脉冲负载冲击，实现对间谐波功率波动的补偿。建立脉冲负载间谐波功率波动幅度与脉冲负载周期、功率、占空比间的定量关系，得到其幅频特性函数；提出混合储能快速跟踪补偿方法，根据幅频特性函数获取波动频谱范围，并与功率谱分析结合确定滤波参数，经相位延迟处理后输出控制信号。利用RT-LAB搭建含脉冲负载的中压直流舰船微网模型，算例结果验证了间谐波功率定量关系的合理性，表明该方法能够实现混合储能的优化协调，自适应补偿间谐波功率波动，增强发电机运行可靠性。